Comercio, Regulaciones y Medidas Sanitarias y Fitosanitarias

Microbiología, Inocuidad de Alimentos y Métodos Rápidos de Laboratorios - Parte 1 (Teoría)

• Pruebas presuntivas – Parte I 

  Métodos basados en cultivos

  Para cultivar microorganismos de manera efectiva es necesario disponer de factores como nutrientes, oxígeno, agua, pH, temperatura, entre otros. Estos factores pueden dividirse en intrínsecos y extrínsecos. Los medios de cultivos usados para crecer microorganismos contienen diferentes ingredientes que proveen vitaminas, proteínas, energía, mantienen el pH y algunos contienen agentes selectivos. Existen diferentes métodos de siembra como siembra por superficie, vaciado en placa, sembrado en espiral y petrifilms. Además, existe la técnica de estriado en placa para aislar colonias puras de microorganismos.

  Tipos de medio de cultivo

  Los medios de cultivo utilizados pueden clasificarse en, por lo general, de enriquecimientos, selectivo y diferencial. El medio general permite el crecimiento de todo tipo de microorganismos. El medio de enriquecimiento provee ingredientes extra para la recuperación y crecimiento de microorganismos. El medio selectivo contiene ingredientes que inhibe el crecimiento de cierto tipo de microorganismos y favorece el crecimiento de otros. Finalmente, el medio diferencial permite identificar ciertos microorganismos basado en características morfológicas.

  Métodos rápidos

  Los métodos rápidos para la detección de microorganismos deberían ser precisos, reducir el tiempo requerido para obtener el resultado, ser económicamente rentable e idealmente ser fácil de realizar. Estos métodos se dividen en bioquímicos, inmunológicos y moleculares.

  Índice Analítico de Perfil (API)

  La prueba API es una prueba bioquímica que contiene diferentes pocillos con sustratos deshidratados que detectan la actividad enzimática causada por el metabolismo de las bacterias. Luego de incubar, se observa el resultado de las reacciones y se registran como positivas o negativas y se obtiene un resultado numérico que es posteriormente ingresado en una plataforma online para determinar la identidad del microorganismo.

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• Pruebas presuntivas – Parte II 

  ELISA / flujo lateral

  Las pruebas de ELISA y flujo lateral son pruebas inmunológicas que involucran una interacción entre el antígeno microbiano y un anticuerpo. Las pruebas ELISA son ensayos cuantitativos y requieren equipos especializados, las pruebas de flujo lateral son cualitativos y muestran solamente presencia/ausencia del antígeno. Otro ejemplo de pruebas inmunológicas es la prueba de aglutinación que puede ser directa o indirecta.

  Monitoreo de ATP

  El monitoreo de ATP es un método económico y rápido para detectar contaminación biológica a través de la medición de carga de adenosina trifosfato (ATP) que se encuentra en todas las células de seres vivos. Este método ayuda a identificar puntos de control para los planes de limpieza e higiene. Se lleva a cabo una reacción luciferina/luciferasa y se obtiene un valor numérico que indica el nivel de limpieza.

  Número más probable (NMP)

  La técnica del número más probable es usada para estimar concentraciones bajas de microorganismos viables a través de la producción de gas o turbidez. Se realiza en series de tres o cinco tubos que registra resultado como positivo o negativo y luego se compara a una tabla apropiada para obtener el resultado final.

  Petrifilms

  Las placas petrifilm son medios secos listos para usar que se rehidratan al agregar el cultivo líquido y contiene nutrientes que permiten el crecimiento de microorganismos. Existen diferentes tipos de placas petrifilms específicos para cada microorganismo, estos pueden ser selectivos y/o diferenciales.

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• Pruebas confirmatorias – Parte I 

  Reacción en cadena de la polimerasa (PCR)

  El PCR es una técnica de biología molecular que permite realizar millones de copias de un segmento de ADN específico. Para llevar a cabo un PCR se requiere de la muestra de ADN, cebadores, nucleótidos, polimerasas de ADN y buffer. Los pasos del PCR incluyen desnaturalización, alineamiento y elongación. Existen diversos tipos de PCR que incluye el PCR múltiple, PCR con transcripción inversa, PCR de tiempo real o PCR cuantitativo, PCR anidado y PCR digital.

  Secuenciación de nueva generación (NGS)

  La secuenciación de nueva generación es una tecnología usada para determinar la secuencia (orden de nucleótidos) de un genoma entero o regiones de ADN o ARN. Para realizar una secuenciación se requiere de tres pasos generales: preparación de muestra, secuenciación y análisis de datos. La preparación de muestras incluye la extracción de ADN y preparación de librería. Entre los tipos de secuenciación se encuentran la secuenciación Sanger, terminación reversible, torrente de iones, guía de ondas modo cero y secuenciación en nanoporo.

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• Pruebas confirmatorias – Parte II 

  Secuenciación del genoma completo (WGS)

  La secuenciación del genoma completo es un tipo de NGS que permite secuenciar el genoma entero de un organismo incluyendo cromosomas, plásmidos, regiones codificantes y no codificantes. Existen diversas plataformas para WGS como Illumina, Pacific Biosciences, Oxford nanopore, y Thermofisher. Esta técnica puede ser utilizada para identificar cepas, encontrar genes de resistencia o en diversas aplicaciones de epidemiología. WGS permite analizar los datos de manera profunda con alto rendimiento, menor tiempo y menor costo.

  Centro Nacional para la Información Biotecnológica (National Center for Biotechnology Information - NCBI)

  El NCBI es una rama del Instituto Nacional para la Salud (NIH) de los Estados Unidos y entre sus funciones se entra el desarrollo de tecnologías de información que aportan al entendimiento de fundamentos moleculares y genéticos que controlan la salud y enfermedades. Dentro del NCBI existe un proyecto de detección de patógenos que recolecta información para identificar fuentes potenciales de contaminación que afectan a la salud pública.

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